王爷庙的来历一直富有传奇色彩。关于王爷庙的来历，至今仍流传的民间传说有两个版本。
一是风水说。王爷庙建造于釜溪河畔的一个夹子口。当釜溪河到了枯水期时，清晰可见王爷庙的根基下那一块块石头蜿蜒像一条龙，也就是民间流传的“石龙过江”。相传夹子口下有一个很深的洞，可直通东海，釜溪河水也是由此洞流向东海里的。
古时的盐商信奉阴阳五行，因此按阴阳五行之说“金生于水，水去金失”，若不在此修殿造庙，立刻锁住水口，那么自贡依靠产盐聚集的大量财富将沿夹子口的深洞付之东流。于是，当年的自贡盐商斥巨资在此修建王爷庙，为的就是锁住水口，将财富永远锁在自贡。
二为斗富说。当时盐业经济发达，盘踞在自贡的陕西籍盐商于乾隆元年集资在龙凤山麓修建了西秦会馆。建成后的西秦会馆，气势宏伟、富丽堂皇。本地盐商大为震撼，发现西秦会馆像一杆“杏黄旗”死死插在“龙”山“凤”尾中区，会断了本地盐商的财运。传言一出，使本地盐商怒发冲冠，耿耿于怀，誓要与之比高低。
于是，本地盐商开始斥巨资选址修建庙宇。最终选中在釜溪河畔一个夹子口建王爷庙。之所以选择此处，为的是要在“龙头”和“夹子口”处，依托釜溪河为屏障，竖起一杆比西秦会馆高三尺的“杏黄旗”，从雄姿霸气上压倒陕商，以破解其风水。